与其他邪教相比，“全能神”邪教不但有完备的传教理论基础，而且其活动方式很是诡秘，整个组织体系上下级层次分明，传教、财务、奖惩等规章制度严密。其活动规律主要表现在以下几个方面：

一是构建了严密的组织体系。

“全能神”将国内组织体系调整为6级即：监察组、牧区（目前全国分8大牧区）、区（地市）、小区（县、城市区）、教会（乡镇）、小组。设在美国的总部会通过加密的通讯方式将其旨意传达给国内监察组；监察组为境内最高行政机构，全面负责境内“全能神”邪教活动，设组长、副组长，下设电脑组、校对组、朗诵组、诗歌组、资金组等专门机构；牧区设有监察员、监察助理等；区、小区、教会设有“带领”、“配搭”、“联络执事”等。

“全能神”组织的每一层都设有一线、二线、三线、四线人员。一线主持工作，二线见证工作，三线摸底、铺路，四线接待服事。并且，其组织内部人员分工明确，各司其职。

二是制定了完备的规章制度。

“全能神”邪教组织对各级负责人及骨干的选用、培养、提拔、考核、调配，以及对一般成员的管理和日常事务的安排有着严格的制度规定。譬如《神选民必须遵守的“十条行政”》《进入信神起码该具备的“十项实际”》《达到在试炼中站住见证的“十一条标准”》《达到办事有原则必须进入的真理实际》等。在这些规章制度中，不但规定了“女基督”与“大祭司”应当享有的各项权利，还规定了骨干以及信徒必须尽到的各项义务。

三是突出对高层骨干的保护。

该邪教制定的《教会设立的原则》中明确规定：“设立教会可以由传福音的人直接设立，也可以由当地教会的传福执事或浇灌新人的来设立，教会带领、小区带领可以幕后指导此事，不要出头露面”。该邪教强调：“小区带领、区带领更要保护好自己，要有更安全的措施，学会在幕后指挥工作，一般情况都不要露面，能叫别人代办的事就托付别人去办，如果没有合适的环境就不要轻易露面”。之于牧区、监察组的成员，安全保护措施更加严密。

为了减少不必要的麻烦，该邪教小区以上的骨干成员，不允许入住宾馆、酒店，而是提前安排入住“接待家庭”。 而“接待家庭”的选择有着严格的标准，须是全家信教家庭，还要接受该邪教的考察并获得认可。

四是对邪教成员实施分类管理。

该邪教制定《教会生活管理原则》，要求根据信徒忠诚度，分为A、B、C组，分别聚会，分类管理。A组成员，是所谓“追求真理”，“甘心尽本份”，“喜爱吃喝神话”的人；B组成员，是所谓“对神话、对生命经历不开窍的人，聚会中好打岔、好瞌睡的人，说话好抬扛、钻牛角尖的人，以及不常聚会的所有不追求真理的人”；C组成员是所谓“人性太坏，跟谁都合不来，在教会中不起好作用，被多数人厌憎远离与对神常有观念、常有怀疑论断的人”。

五是后勤保障系统服务规范。

“全能神”邪教组织“牧区”以上均设后勤组织或事务队，负责保障组织正常运转，直接受“带领”的指挥。其主要负责四个方面的工作：一是书籍资料的分配运送，二是购买、分发手机等通讯工具，三是传递成员所写的“见证”（心得体会），四是协助“带领”选择“接待家庭”。后勤一般设“事务长”（也称“事务总管”）和“事务员”。

此外，“全能神”邪教组织还在各地设有“联络站”（接待点）及特殊的“训练基地”（训练窝点），专供软禁人、“审判”人、为人“洗脑”所用。每一层的领导身边还有一两名打手，一是为保护领导者安全；二是为帮助领导惩治那些违反“行政”或他们认为该受诅咒的人。

六是有灵活的应对措施，对抗性强。

“全能神”邪教深知，公安机关始终对邪教保持高压打击态势，所以部分成员被抓获也是难以避免的，为此，他们制定了许多应对措施。譬如：一旦有人被抓，要第一时间发出通知，要求各级“带领工人应该隐蔽”“凡是以往被通缉抓捕过的人更要隐蔽”“所有钱财保管家庭都应该采取灵活保管方式，根据情况灵活决定分散保管或藏于户外或转移一部分，若得知区带领或知情人员被抓，更要及时转移‘祭物’……”

此外，为逃避打击，该邪教还用“恐吓”手法对成员进行他律约束。如让成员发“毒誓”，灌输违背誓约会受“神罚”“闪电击杀”之类的精神恐吓，要求成员一旦被警方抓获后，要以缄默、装疯、撒泼、说谎等各种方式对抗审查。

由此不难看出，相比较其他邪教，“全能神”邪教组织更加严密，邪恶程度更深，社会危害更大。